Az első világháború idején kezdett komponálni, 1917-től kezdve kerültek művei a nyilvánosság elé. Ifjúkori művei közül a Pastorale d’été (1920) aratott kimagasló sikert. A következő években kamarazenét írt, ez idő tájt keletkeztek finom hangú hegedű-, brácsa- és gordonkaszonátái. A világhírt a Dávid király című oratórium hozta meg számára, alig harminc esztendős korában; Honegger ekkor már a Hatok csoportjának (Milhaud, Poulenc, Honegger, Tailleferre, Auric, Durey) tagja volt. „A zene becsületes munkása akarok lenni — írta 1925-ben —, hivatásomat töretlen lelkiismerettel akarom szolgálni.” A húszas évek kísérletező útkeresése Honegger életművén is nyomot hagyott. Ennek az időszaknak érdekes nyomait őrzik a Pacific és a Rugby című kompozíciók.

1935-ben írta Honegger a Jeanne d’Arc au Bucher (Johanna a máglyán) című oratóriumát, amely Franciaország történelmének legválságosabb éveiben a szabadság és a nép erejébe vetett hit magasrendű eszmeiségét képviselte. Ebbe az irányzatba tartozik a második világháború borzalmait megjelenítő II. szimfónia is. A gazdag életművet több alkalmi jelentőségű mű egészíti ki, közöttük 14 táncjáték, 24 színpadi kísérőzene, mintegy 30-40 filmzene és néhány rádiójáték kísérőzenéje.

A modern muzsika nagyvonalú, újító szellemű alkotója és rokonszenves egyénisége 1955. november 27-én, 63 éves korában hunyt el Párizsban.