Gyöngyössy Zoltán tragikus hirtelenséggel, életének 53. évében hunyt el autóbalesetben 2011. december 29-én. Halálhíre az egész klasszikus zenei szcénát megrázta, kollegái nekrológokban búcsúztak egykori barátjuktól, a gyász feldolgozására pedig január 6-án közös virrasztást rendeztek a Wesselényi utcai Ligeti György-épületben. A végső búcsúra a család kérésére végül csak később, február 4-én került sor. Az újpest-kertvárosi Szent István-plébániatemplomban tartott liturgián a Zeneakadémia Egyházzene Tanszékének hallgatóiból alakult kórus, Déri György csellóművész és Kemenes András működött közre, aki a szentmise végén Gyöngyössy tanárának, Apagyi Máriának levelét olvasta fel. A 71 éves fuvolatanárnő Dosztojevszkij és Szent Ágoston szavaival búcsúzott tanítványától:

"Életedben fényt sugároztál, figyelmességet, szeretetet, lendületet, erőt. Már kiskorodban is éreztem a jó iránti hű érdeklődésed, majd lépésről lépésre építetted magad és a tanulást sosem hagytad abba. Még mindig hihetetlennek tűnik, hogy nem vagy köztünk, de lelked és fuvolahangod itt marad velünk, tovább szól bennünk. Szent Ágoston szavaival búcsúzok tőled, Zoli: 'Az út másik oldalán vagyok. Lásd, jól van minden. Meg fogod találni a lelkemet és benne egész, letisztult szép, gyöngéd szeretetem.' Nyugodj békében, nem felejtünk el, mindenkor szeretettel gondolunk rád." Ezt követően a Zeneakadémia képviseletében Lakatos György fagottművész búcsúja hangzott el: "Azt mondják, nincsenek pótolhatatlan emberek. Valóban? Nincsenek? Pótolható az a bizonyos mosoly, az a bizonyos nevetés, az a csillogó, örömteli, néha talán kérdő, néha talán kérkedő és boldog tekintet a kottaállvány másik feléről? Pótolható az a h-moll szonáta, az a Schubert vagy az a Bach? Pótolható a szereteted, a rajongásod, a hivatásod, a lendületed, a meg nem alkuvásod, a barátságod? Nem pótolható."

Batta András, a Zeneakadémia rektora egy korábbi nekrológjában így emlékezett Gyöngyössy Zoltánról: "Zoli nyitottsága, érdeklődése, mindig szíves és lelkes részvétele közös dolgainkban adta magát. Erre szokták mondani közhelyesen: nyitott könyv. Őszinte volt beszéde és őszinte a játéka. Többünk utoljára a 2011-es év másik nagy, tragikus veszteségének, Dobszay tanár úr emlékére rendezett koncerten hallottuk a Magyar Tudományos Akadémián, a régi barát, Kemenes András partnereként. Bachot játszottak. Simán, póztalanul, a hangokat az időben elrendezetten, és ez által időtlenül. Méltón ahhoz, akit akkor ezzel a muzsikával gyászoltunk. Égett a láng elhunyt mesterünk lelki üdvéért, és a Bach-zenén keresztül közel jött hozzánk alakja. Most Zoliért gyújtunk gyertyát, és ismét az ő Bach-játékát hallgatjuk, csakhogy már felvételről. Őt siratjuk, és - mint mindig, amikor nagyot veszítünk - saját magunkat is. Mert hiánya, ugyanúgy, mint egykori jelenléte, immár kitörölhetetlen nyomot hagy bennünk."

A szentmisét követően Gyöngyössy Zoltán hamvait a család és a közeli barátok jelentétében Újpesten, a Megyeri temetőben helyezték örök nyugalomra.