Első gitárleckéit édesapjától kapta, aki tehetséges műkedvelő gitáros volt, és fiát katonai vagy államigazgatási pályára szánta. Ám amikor az apa 1790-ben meghalt, Fernando egy montserrat-i kolostorba került, ahol orgonálni, hegedülni és énekelni tanult, valamint megismerkedett az ellenpont és az összhangzattan alapjaival is.

Tanulmányai befejeztével 16 esztendősen visszatért Barcelonába, és Don Federico Moretti gitárműveinek hatására komolyan kezdett foglalkozni a gitározással. 19 éves korában nagy sikerrel mutatták be első operáját. Nem sokkal ezután Madridba ment, ahol Alba hercegének pártfogását élvezte, és részt vett a város virágzó zenei életében. 1813-ban, amikor Wellington serege győzelmet aratott a franciák felett, és Spanyolország ismét visszanyerte függetlenségét, Sor a francia muzsikusokkal és forradalommal való szimpátiája okán jobbnak látta elhagyni hazáját.

A következő két évet Párizsban töltötte, ahol megjelentek első gitárművei. 1815-től 1823-ig a londoni közönség gyönyörködhetett gitárkoncertjeiben és színházi műveinek, elsősorban balettjeinek előadásaiban. Szólista pályafutását ezután Moszkvában folytatta, ahol két balettjét mutatták be, és meghívást kapott Szentpétervárra, az uralkodói udvarba is. 1826-ban tért vissza Párizsba. Életének utolsó éveit a koncertek és a tanítás töltötte ki, híres gitár-módszertana is ekkor készült. 1839. július 8-án halt meg Párizsban.