Maria João Pires Lisszabonban született, és hamar felfedezték zenei tehetségét. Öt évesen adta első koncertjét, hét évesen már Mozart-versenyműveket játszott közönség előtt. Nem csak előadóművészetet tanult, hanem zeneszerzést, zeneelméletet és zenetörténetet is. Huszonhat évesen érte utol a nemzetközi hírnév, amikor megnyerte a brüsszeli Beethoven Zongoraversenyt.
Pires egyébként nem igazán szeret koncertezni, úgy véli, a zene a hangversenyeknél sokkal lazább keretek között jön létre. Chopinről például azt mondta: "[Ő] a zene legmélyebb költője. De ő volt az, aki kitalálta ezt a szólózongora-koncertnek nevezett dolgot. Ettől szenvedek egész életemben." Sokkal szívesebben kamarazenélt, évekig járta a világot egykori párjával és zenészbarátjával, Augustin Dumay hegedűművésszel.
1999-ben történt a híres eset, amikor egy délutáni előadás közben Pires rájött, hogy másik Mozart-zongoraversennyel készült, mint amit a zenekar játszani kezdett. Először kétségbeesett, végül hibátlanul eljátszotta a concertót. (Az eset az alábbi videón látható.)
A művésznő néhány éve nem titkolja, hogy igyekszik kevesebb koncertet adni. Lemezeket készíteni viszont nagyon szeret, Chopin-, Mozart- és Schubert-felvételei legendásak.