Mint arról korábban beszámoltunk, az EUYO támogatását - a teljes fenntartási költség mintegy 40 százalékát - 2014 óta az Európai Unió nem tudta tovább vállalni. A dotáció leállása után zenekar a Kreatív Európa Programba benyújtott pályázati pénzekből tartotta fenn magát, 2016-ra vonatkozóan azonban nem kapták meg ezt a támogatást sem. A zenekar a finanszírozás ellehetetlenülése miatt 2016. szeptember 1-től felfüggeszti tevékenységét.
Sir Simon Rattle, a Berlini Filharmonikusok jelenlegi vezetője az ügy kapcsán így reagált nyílt levelében:
„Ez a döntés egyértelmű következménye annak, ahogy az EU kulturális finanszírozási politikája teljesen megváltozott. Két évvel ezelőtt az EU úgy döntött, hogy többé nem támogat egyetlen önálló kulturális szervezetet sem. A megelőző hét évben folyósított 1,45 milliárd euró is csak egy nagyon komplikált partnerségi struktúrákban vált felhasználhatóvá." Mint mondta: "Az új Kreatív Európa Programnak nagyszerű érdemei vannak, de ez a lehetőség olyan projektek ösztönzését tűzte ki célul, amelyek tovább erősítik az európai nemzetek összefogását, és nem veszi figyelembe azokat, amelyek elve megvalósítják a páneurópai gondolatot. Utóbbihoz tartozik az Európai Unió Ifjúsági Zenekara is."
Rattle mint írja: 2015 elején felvették a kapcsolatot Navracsics Tibor kulturális ügyekben illetékes EU-biztossal és a Schulz-kabinet további tagjaival is, akiknek jelezték, hogy a kialakított finanszírozási rendszer működésképtelennek tűnik, ha egy olyan szervezet mint az Európai Unió 28 tagállamából érkezett zenészekből álló zenekar nem kaphat a támogatási összegből. Rattle felhívja a figyelmet arra, hogy az EU döntéshozói nem reagáltak érdemben a megkeresésre egészen addig, amíg nyilvánosságra nem került az EUYO működésének ellehetetlenülése. Úgy véli, hogy Navracsics Tibor sebtében kiadott nyilatkozatában semmi újat nem mondott, csupán a rendszer bürokratikus felépítését mantrázta, lerázva a felelősséget saját magáról.
Navracsics Tibor nyilatkozatában így fogalmazott: „A Kreatív Európa programban rendkívül erős versenyhelyzet alakult ki és csak korlátozott számú projektet tudunk támogatni. A pályázatokat független szakértők bírálják el, hogy mindenki az érdemeihez mérten részesülhessen támogatásban. Az Európai Unió Ifjúsági Zenekara 2014-ben sikeresen pályázott a támogatásra, ez a projekt véget ért, 2015-ben azonban nem sikerült sikeres pályázatot benyújtaniuk, más projektek jobban megfeleltek a Kreatív Európa prioritásainak. A 112 benyújtott pályázatból mindösszesen 15-öt választottak ki a szakértők finanszírozásra.”