Az orgonát 2009-2015 között a Pécsi Orgonaépítő Manufaktúra újította fel Végh Antal orgonaépítő mester vezetésével, a terveket Hock Bertalan, a templom orgonaművésze készítette, az 1893-ban készült orgonaszekrényt Erdei Barna restaurálta - hangzott el a felújított hangszert bemutató január 23-ai sajtótájékoztatón. 

Hock Bertalan elmondta, hogy a kóruskarzaton álló nagyorgona mellett egy új karorgona is épült a sekrestye feletti karzaton; ide Schulek Frigyes eredetileg is tervezett orgonát, de az végül nem valósult meg. A két hangszert a négy játszóasztalnak - köztük egy, a padsorok előtt elhelyezett mozgatható játszóasztalnak - köszönhetően egyszerre akár négy orgonista is megszólaltathatja. A két orgona a legmodernebb vezérlésnek köszönhetően megszólaltatható egyszerre - mintegy sztereó hatást keltve -, vagy külön-külön, egymásnak válaszolgatva.  

A nagyorgona legnagyobb sípja 10,6 méter hosszú és 175 kilogrammot nyom, a legkisebb mindössze 8 milliméteres és 60 grammos - részletezte Hock Bertalan. "Mivel a belmagasság nem elég nagy, a leghosszabb sípok föl vannak tekerve, mint egy kürt. A legnagyobb akkora, hogy egy kisgyerek kényelmesen elférne benne".   Az orgona 111 regiszteres, ami olyan, mintha egy 111 tagú zenekar játszana: minden regiszter egy-egy embert, hangszert képvisel - magyarázta Hock Bertalan. Az orgonaművész elmondta azt is, hogy az orgona felújításán 50 szakember dolgozott 6 éven át, összesen 44 ezer munkaórában.

A beruházást a magyar állam finanszírozta, költsége mintegy bruttó 210 millió forint volt.  A budavári Mátyás-templom felújítása 2006 és 2013 között zajlott le, ennek keretében 2009-ben közbeszerzési eljáráson a Pécsi Orgonaépítő Manufaktúra nyerte el az orgonákkal kapcsolatos munkák elvégzését. Míg az épület műemléki rekonstrukciója 2013 októberére befejeződött, a felújított orgona összeállítása - mivel csendet és tisztaságot igényel - csak ekkor, az építőipari és restaurátori munkák végeztével kezdődhetett meg. A finombeállítások 2015 januárjában fejeződtek be.

A hangszer szekrénye eredetileg 1893-ban készült Schulek Frigyes tervei alapján, rövidesen kiderült azonban, hogy a benne elhelyezett orgona nem felel meg a templom egyházzenei igényeinek. Ferenc József király 1907-ben, magyar királlyá koronázásának 40. évfordulója alkalmából 50 ezer koronát adományozott magánpénztárából egy új, méltó hangszer építésére. A „Király orgonája" 1909-re készült el Rieger Ottó budapesti gyárában.  

A hangszer első jelentős átépítése 1931-ben történt meg, később a második világháborús sérülések miatt kellett helyreállítani. Állapota a '70-es, '80-as évekre annyira leromlott, hogy teljes felújítása vált szükségessé, erre 1983-84-ben került sor a csehországi Rieger-Kloss orgonagyárban - magyarázta Hock Bertalan. Ezt követte a mostani felújítás: 2009-ben az akkor éppen 100 éves orgonát ismét lebontották és a Pécsi Orgonaépítő Manufaktúra műhelyébe szállították. A hangszer belső elrendezését megváltoztatták, ezzel lényegesen javult a sípsorok kihangzása, és felerészben láthatóvá vált a templom nyugati rózsaablaka is.

A felújítás után újra felépített hangszer ünnepélyes megáldását 2014. november 16-án Erdő Péter bíboros, esztergom-budapesti érsek végezte. A liturgikus használat mellett az érdeklődők rendszeres hangversenyeken is hallhatják majd az orgonát a kivételes akusztikájú templomban - hangzott el a bemutatón, ahol azt is jelezték, hogy a Mátyás-templom felújítása a Mária-kapu és az oltárok restaurálásával a tervek szerint idén húsvétra zárulhat le minden részletében.