Köznemesi családból származott, szülei jogi pályára szánták. A debreceni jogakadémián tanult, de „kiugrott" és beállt vándorszínésznek Kilényi Dávid társulatába. Kassán, Kolozsvárott, Pécsett és más városokban lépett színpadra,
elsősorban operák tenorszerepeiben, a prózai darabokban szeles gavallérokat és fiatal komikus szerepeket alakított.
Hangját idővel túlerőltette, ezért 1838-tól mint korrepetitor, karmester és operarendező működött. 1842-ben – miután sikertelenül pályázott a Nemzeti Színházhoz – önálló társulatot alapított, kisebb megszakításokkal 31 éven át volt igazgató.
Latabár Endre nevéhez fűződik az 1849 utáni vidéki színházi élet fellendítése. 1854-ben társulatával ő avatta fel a szabadkai, 1857-ben pedig az 1843-as tűzvész után újjáépített miskolci színházat, amelynek kisebb megszakításokkal aztán négyszer volt direktora.
Oroszlánrésze volt abban, hogy a XIX. századi Magyarországon Kolozsvár és Nagyvárad mellett Miskolc lett a magyar nyelvű színjátszás megbízható támasza, az északkelet-magyarországi színészet központja.
1861-től Győrben és Szegeden, 1865 és 1873 között Kassán bérelt színházat: prózát, operát és operettet is játszó együttese az egyik legerősebb vidéki társulat volt, amelyben olyan neves személyiségek dolgoztak, mint Szentgyörgyi István, Paulay Ede és Újházi Ede. Ő maga idősebb korában már csak néhány kedélyes apaszerepben lépett fel.
Az 1870-es első országos színészkongresszuson a „színészkebelzet" igazgatósági tagja lett.
Sokoldalúságát jelzi, hogy volt karnagy, komponált zenét, emellett mintegy ötven színpadi művet – zömmel francia operettet – fordított magyarra német, francia és olasz nyelvből.
Latabár Endre az egyik legnevesebb és legnagyobb magyar színészdinasztia alapítója, amelynek napjainkban már a hatodik nemzedéke van színpadon. Az ősatya dédunokája volt a múlt század kiváló táncoskomikus testvérpárja, Latabár Árpád és Kálmán, míg a dinasztia legfiatalabbjai közül ifjabb Latabár Árpád a miskolci színház táncos komikus művésze, a legeslegfiatalabb Latabár leszármazott, Kálmán pedig táncművész.
Latabár Endre 1873. július 10-én hunyt el Miskolcon, az avasi református temetőkertben található családi sírboltban nyugszik. Nevét utca viseli az észak-magyarországi városban, szobrát 2007 szeptemberében avatták fel a Miskolci Nemzeti Színház szoborparkjában.