Hajdufy Miklós a gimnázium után először műszaki rajzolóként helyezkedett el, majd a hajdúdorogi tangazdaság munkatársaként dolgozott. Kétéves sorkatonai szolgálata után azonban a művészvilág felé fordult. Előbb a Magyar Néphadsereg Színházának díszletmunkása lett, majd a kecskeméti Katona József Színház ügyelője. A rendezéssel először akkor találkozott, amikor segédrendezőnek szegődött Németh Antal mellé.
1958-tól már a Magyar Televízió ügyelőjeként, illetve asszisztenseként dolgozott. 1960-ban felvételt nyert a Színház- és Filmművészeti Főiskola rendező szakára, melynek elvégzése után az MTV irodalmi és drámai főosztályának munkatársaként egész estés tévéfilmeket és tévéjátékokat rendezett.
A rendezés mellett szívén viselte a fiatalabb generáció képzését is, 1991-től 2006-ig a fővárosi Theatrum Színiakadémia Művészeti Szakiskola igazgatója volt.
Rendezői pályája első 15 évében főként történeti filmeket forgatott, de klasszikusokhoz is szívesen nyúlt: Jókai Mór, Gárdonyi Géza, Móricz Zsigmond, Hidas Antal, Németh László, Vészi Endre és Sarkadi Imre műveit is feldolgozta. Az 1980-as évektől a két világháború között írt könnyedebb hangvételű prózákra koncentrált.
Munkásságát számos díjjal jutalmazták, első filmjével, az 1966-os Távolsági történettel Monte-Carlóban Arany Nimfa-díjat kapott, és több tévéfilmjét is MTV Elnöki Nívódíjjal, valamint a Filmkritikusok Díjával jutalmazták. 1975-ben Balázs Béla-díjjal tüntették ki, nem sokkal később pedig érdemes művész elismerésben részesült. 2006-ban átvehette a Köztársasági Érdemrend lovagkeresztjét.