Bécsben született Friedrich Stowasser néven, ebből "németesítette" a Hundertwassert (a sto szlávul százat jelent). Teljes művészneve Friedensreich Regentag Dunkelbunt Hundertwasser volt, ebből a Friedensreich magyarul békével teli, a Regentag esős nap, a Dunkelbunt pedig sötéttarka. A bécsi Képzőművészeti Akadémiát otthagyva autodidaktaként tanult tovább, főleg 1951-ben tett marokkói és tunéziai útjai hatottak rá.
1952-ben nyitotta meg első kiállítását Bécsben, egy évvel később megfestette első spirálalakzatát, 1958-ban Penészkiáltványt írt az építészeti racionalizmus ellen. Ugyanitt hirdette meg először
az Ablak jogát, vagyis azt, hogy a bérlőnek joga van, hogy a lakása ablakán kihajolva, amíg csak a keze elér lekaparja a vakolatot, majd a egy hosszú ecsettel, szintén kartávolságig kifesse.
Így kívülről, az utcáról is láthatóvá válik, hogy aki itt él, az különbözik a bebörtönzött, rabszolgaságba taszított, egyenembertől, aki a szomszédban lakik.
Párizstól Tokióig bejárta az egész világot, 1972 és 1983 között öt földrészen láthatták vándorkiállítását. Utazásai során előadásokat tartott, meztelen performanszokat mutatott be, miközben felolvasta a Meztelenbeszéd a harmadik bőr jogáért című írását. Az ember öt bőréről beszélt, amelyek a következők: a saját bőrünk, a ruházat, a ház, a szociális környezet (a családtól a nemzetig) és a globalitás.
Már az 1950-es években világpolgárként élt, a civilizáció kritikusaként lépett fel, foglalkoztatta a környezetvédelem kérdése. A kispolgárt megbotránkoztatni akaró művész mozgalmat indított Jogod az ablakhoz - kötelességed a fa iránt elnevezéssel, melyben az ablakok kötetlen elhelyezését és tetőkertek telepítését hirdette. Humuszvécé című kiáltványában a fekália visszajuttatását javasolta a természet körforgásába.
Festészetében, homlokzataiban, postai bélyegein, ruhaterveiben harsány színeket alkalmazott, kereste az ember és a természet megbékélésének lehetőségeit. Lenyűgözték a spirális formák, elutasította az egyenes vonalakat, amelyeket "az ördög eszközének" tartott. Művészetelméletét transzautomatizmusnak, festészetét organikus festészetnek nevezte.
Leghíresebb alkotása a bécsi Hundertwasser-ház, illetve a közelében lévő múzeum, amelyben a festő műveit állandó kiállítás mutatja be. Az 1983 és 1985 között épült ház meghatározhatatlan formái hullámzó padlói és környező járdái, a logikát nélkülöző változatos szerkezeti elemei, burkolatai és aszimmetriái látogatók tízezreit vonzzák. A házban 52 lakás, 4 iroda, 16 magán- és 3 közös terasz található, mintegy 250 fa és bokor színesíti. A művész a tetőt is befüvesítette, a lakásokból pedig fák nőttek ki. A ház tervezéséért nem fogadott el fizetséget. Kijelentette, hogy már az megérte a befektetett munkát, hogy "megakadályozta, hogy valami borzalmas épüljön ide ehelyett."
A művész így vallott a házról:
Néhányan azt állítják, a házak falakból állnak, szerintem meg ablakokból."
A házzal átellenben kis "bevásárlóközpont" található, ahol főleg ajándéktárgyakat árusítanak, de látványosság a vécé is, amelynek a művész különös figyelmet szentelt.
Hundertwasser 1981-ben a bécsi Képzőművészeti Akadémia professzora lett, és megkapta a nagy Osztrák Állami Díjat. Utolsó vállalkozása 1999-ben a magdeburgi Hundertwasser-ház volt, amelynek felavatását már nem érhette meg: 2000. február 19-én halt meg egy hajón a Csendes-óceánon, úton Új-Zélandról hazafelé.
A rendkívül eredeti, megzabolázhatatlan művész, aki állandóan feltűnést keltett és botrányokat kavart, már néhány évvel a halála után klasszikussá vált. Legmeghökkentőbb műveivel is arra kereste a választ, hogy miképpen élhetne harmonikusan együtt ember és természet.
1994-ben Kreatív építészet - az alkotás példázata címmel építészeti terveiből rendeztek kiállítást a Budapesti Történeti Múzeumban, és ugyanebben az évben felvetődött, hogy ő díszítené a Fővárosi Levéltár új épületét, de ez anyagi és szerzői jogi viták miatt végül ez nem valósult meg. 2007-ben Egy varázslatos különc címmel, több mint száz alkotással az életművét bemutató kiállítás nyílt a Szépművészeti Múzeumban, 2011-ben a szegedi Reök-palotában mutatkoztak be grafikai munkái, 2016-ban pedig Hundertwasser és a japán Haszegava Soicsi grafikai munkáiból rendeztek kiállítást a budapesti Gerbeaud-házban Kelet és Nyugat címmel.