1764. május 5-6-án, egy két napos ünnepség keretében alapította ugyanis meg a kitüntetést Mária Terézia osztrák főhercegnő, magyar királynő. A korabeli magyar politikusok a rend alapításának aktusát úgy tekintették, hogy azt Mária Terézia a Magyar Királyság uralkodójának minőségében tette. Valóban, a rend eredeti alapító okiratában a Szent István-rend nagymesteri tisztsége „mindenkor a magyar koronával van egybekötve".
A Magyar Nemzeti Múzeum először emlékezik kiállítással a legmagasabb magyar kitüntetésre és - számos külföldi múzeum és magángyűjtő közbenjárásával és felajánlásával - több mint 400 műtárggyal mutatja be a Rend történetét, adományozottjait és kitüntetéseit.
A Mária Terézia által alapított Szent István-rend kizárólag a polgári érdemek jutalmazására hivatott, az államnak tett szolgálatokért adományozták és magyar jellegét a Habsburg Birodalmon belül mindvégig igyekeztek fenntartani.
A három fokozatú kitüntetés legmagasabb szintű jelvényét, a nagykeresztet számos külföldi államfő is megkapta, és az uralkodók közötti reprezentáció eszközéül is szolgált. A középkereszt rendszerint a magasabb beosztású személyek jutalmazására, míg a kiskeresztet a saját területükön kiváló érdemeket szerző polgárok elismerésére ítélték oda.
A magyar történelem olyan kimagasló személyeit, művészeit jutalmazta a Rend, mint Batthyányi Lajos nádor, Andrássy Gyula, Arany János, Munkácsy Mihály vagy Szinyei Merse Pál és Teleki Pál.
Diplomáciai kapcsolatok építése céljából megkapta Napoleon, I. Miklós cár, Otto von Bismarck, II. Viktor Emanuel, Mitsu Hito japán császár vagy épp Abdul Hamid Khan török szultán is.
A Rend fennállásának egész ideje alatt mindössze egy női tagja volt a rendnek- Mária Terézia, aki alapító nagymesterként viselte a kitüntetést. (A Rend történetében az újralapításkor, 2013-ban az első kitüntetést Egerszegi Krisztinának adományozták.)
Az első világháború végével felbomlott az Osztrák-Magyar Monarchia, így annak kitüntetési rendszere is; Horthy Miklós - saját rendelkezése alapján - 1938-ban, a jubileumi Szent István Év alkalmávalmegújította a már nem jogfolytonos Rendet - és önmaga látta el a nagymesteri tisztséget. A Rend nevét Magyar Királyi Szent István-rendre változtatta, melyet 1946-ban, aII. Magyar Köztársaság kikiáltásával egyidejűleg az Országgyűlés szüntetett meg.
Az 1921-22-ben Bécsből Magyarországra került rendi kincstár - melyben Mária Terézia egyedi rendruhája, 95 további rendi díszruha és számos kitüntetés volt - a budai vár ostroma során 1944-ben megsemmisült és szétszóródott, ma csak kicsiny töredékeit ismerjük.
A Rend utóélete 2011-ben indult újra, amikor is újraalapították Magyar Szent István-rend néven. 2013-tól a köztársasági elnök adományozza az ezentúl csak nagykereszt formában lévő legnagyobb állami kitüntetést, melyet első alkalommal Egerszegi Krisztina ötszörös olimpiai bajnok úszó és Lámfalussy Sándor közgazdász professzor kapott meg.
A Magyar Nemzeti Múzeum kiállításán számos külföldi múzeum és magángyűjtő anyaga is látható; csodálatos ékköves rendjeleket, festményeket, érméket, metszeteket, dokumentumokat, fényképeket és fegyvereket mutat be, köztük Mária Terézia saját ékköves rendjelvényét a Nemzeti Múzeum gyűjteményéből, Bismarck gyémántdíszes rendjelvényeit Németországból, a Rend díszöltözékét Bécsből, Ferdinánd bolgár király IV. Károlytól kapott rendjelvényeit, és egyben bemutatja a korral mindig változó magyar kitüntetési rendszert is.